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Chemdiv活性库

阅读次数：320 发布时间：2022/3/22 17:29:44

Chemdiv是发现化学域公认的全球先驱，拥有三十年的丰富经验，超过160万多样类药化合物库存，其中约12万化合物具有生物活性数据。这些化合物结构新颖且有一定的生物学活性，用途广泛，由它们组建起来的活性库往往是每个药物筛选平台建立之初的基本配套产品，可以有效助力新药的研发。

12万具有生物活性的化合物里，少量是有明确靶点的经典活性小分子，大部分是初步文献报道具有良好生物学活性的化合物。他们的活性信息来自于ChEMBL, PubChem, Scifinder等数据库以及近十年发表的文献及利。例如，ChEMBL数据库是欧洲生物信息研究所开发的一个在线的免费数据库，它通过从大量文献中收集各种靶点及化合物的生物活性数据，数据来源可靠且能够溯源。
具有已验证生物活性的化合物比随机化合物更有可能在新靶点中发挥活性，是因为它们的生物分子机制可能在新环境中起作用，可以快速实现高通量、高内涵的药物筛选。一套合适数量的活性库具有很高的生物活性多样性和化学结构多样性，可以用于多个域的研究。
一般Chemdiv活性库有以下几种用途：1.靶点鉴定：利用活性小分子探针识别新的、潜在的靶点和通路。小分子探针可以提供有关控制特定表型的靶点线索，为后续的基因层面的靶点鉴定大大缩小范围；

靶点鉴定的研究过程

2.高内涵筛选和体内筛选：高通量、高内涵和多参数成像分析技术的进一步发展，使得活性库可用于机理阐述方面的研究。另外使用活性库有助于发现新的分子作用方式和药物再利用机会。体内活性研究库的高通量筛选也为很多适应症提供了新的研究机会；
3.新靶点药理学：揭示同一基因家族内的新型药理机制，发现某些靶点调节剂新的调节机制和新的靶点；
4.小分子增强剂：通过小分子共同给药的方式来增强其他治疗方式的效果，例如RNAi，基因疗法和基因编辑方法。

下面我们介绍几个典型的活性库。

3D已知活性库
Chemdiv的3D已知活性库收集了约三万个有生物活性的小分子化合物。这个化合物库收集的化合物具有较好的三维空间结构和药效团，并且有多种作用靶点和较好的生物学活性。增加三维形状可以提高溶剂化效应和降低固态晶格堆积，从而导致更大的水溶性以及提高ADMET性能。该库覆盖了包括酶，膜受体，转录因子，表观遗传调节剂，离子通道，转运蛋白和其他蛋白质等靶点。


3D已知活性库的活性信息示例

3D已知活性库的构建经过六个步骤，1.初步筛选：从Chemdiv化合物中筛选出超过12万种含生物活性信息的结构；2.药化过滤：使用药物化学过滤器移除有毒和易反应的化合物，降低苗头化合物结构优化难度，以及后续药理/毒理研究中可能出现的不利风险；3.活性分析：筛选活性高的化合物，例如有效浓度小于10 μM的产品，剔除无活性化合物；4.生物多样性分析：过滤掉一性差的产品，留下靶点特异性强的小分子化合物，提高筛选效率与成功率；5.3D多样性&聚类分析：根据化合物3D结构和药效团特征进行聚类分析；6.挑选成库：挑选每个簇里 具活性的3万个化合物组成3D已知活性库。
精心挑选出来的3万个化合物拥有较低的分子量以及合适的LogP和PSA值，整个化合物库毒性较小，活性较强，性质相对稳定，结构、靶点、药效团多样，后期修饰较为容易。

3D已知活性库的理化参数
活性靶点库系列

活性靶点库系列

针对不同的靶点研究方向，Chemdiv还特意设计了一系列的活性靶点库，其中包括的GRCR活性库，离子通道活性库，激酶活性库，蛋白酶活性库等等。并且在保持靶点数量不变的情况下，还根据活性值和结构多样性等因素进行综合挑选组成精选小库从而服务于各种使用场景。
以人GPCR靶点活性库为例，GPCRs是重要的药物靶点，据说由30-50%的上市药物以GPCRs为靶点而应用于例如中枢神经系统障碍、炎症、心血管系统、代谢系统等临床域。该化合物库包含了5800个化合物，覆盖了118个GPCR相关的靶点，所有化合物的活性值均小于5μM。对于门研究GPCR靶点的客户，该化合物库能轻松满足筛选需求。

人GPCR靶点活性库的活性信息示例

选择性靶点活性分析库（Selective Target Activity Profiling library）
STAP库也是非常热门的化合物库，包含16000个化合物，是门为表型筛选设计的活性库和复杂靶点设计的活性库。STAP库在选择化合物的时候进行了活性分析，只选择活性值小于1.5μM的化合物，并且移除非特异性的化合物（大于2个靶点活性）。同时还进行靶点分析，删除不明确的靶点/表型类型以及删除难理解和与治疗无关的类型。终得到的化合物库总共包含15561个的结构以及覆盖431个靶点的18523条活性信息。整个化合物库具有很高的结构多样性，而且所有化合物都有很好的靶点选择性，是个不错的选择。


STAP库的活性信息示例

总结
Chemdiv可以提供一系列针对不同靶点的高品质活性库，它们靶点明确，信息全 面，用途广泛涵盖多种疾病研究域，是新药发现的必备工具。陶术生物是Chemdiv在中国的独代供应商，可以提供以上所有已知活性库。如果您对已知活性库有更多的需求，希望收集更多的结构类型，我们同样可以根据您的需求量身定制化合物库。
 

原创作者：上海陶术生物科技有限公司

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